单细胞和空间分析确定三阴性乳腺癌对派姆单抗和放射治疗的三个反应轨迹

Cancer Cell                  IF：50.3

本研究利用单细胞测序和空间转录组学技术，揭示了三阴性乳腺癌在接受派姆单抗和放疗治疗后，免疫细胞在肿瘤免疫微环境中的表型和空间变化的异质性。研究发现了三种与早期应答者、晚期应答者和无应答者相关的空间分布。此外，研究还发现了一些新的生物标志物，可以预测免疫治疗的疗效。这些发现为理解免疫治疗和放疗在三阴性乳腺癌中的联合作用提供了重要见解。

Single-cell and spatial profiling identify three response trajectories to pembrolizumab and radiation therapy in triple negative breast cancer

doi: 10.1016/j.ccell.2023.12.012

ZNF689缺乏促进三阴性乳腺癌肿瘤内异质性和免疫治疗耐药

Cell Research              IF：44.1

文章使用单细胞RNA测序、空间分辨转录组学和流式细胞术分析等多组学数据全面表征三阴性乳腺癌肿瘤内异质性（ITH）水平。研究结果显示，高ITH与患者生存差和免疫治疗抵抗有关。同时发现：锌指蛋白689 (ZNF689)缺乏是ITH形成的关键决定因素。在临床样本中，ZNF689的表达与良好的预后和免疫治疗反应呈正相关。本研究揭示了ZNF689缺陷诱导ITH的机制，并建议LINE-1抑制联合免疫治疗作为TNBC的一种新的治疗策略。

ZNF689 deficiency promotes intratumor heterogeneity and immunotherapy resistance in triple-negative breast cancer

doi: 10.1038/s41422-023-00909-w

空间组学技术是3D乳腺癌模型的新概念（综述）

Trends in Biotechnology           IF：17.3

在这篇综述中，作者利用最新的组学和空间生物学技术，深入地描述了生物工程3D乳腺癌模型的生物学相关性以及他们的优缺点，从而为真正临床相关的微生理系统，提高药物开发成功率和个性化医学方法铺平道路。

Spatial -omics technologies the new enterprise in 3D breast cancer models

doi: 10.1016/j.tibtech.2023.07.003.

一文读懂：LSM1在乳腺癌中的作用

Pharmacological Research      IF：9.3

文章利用多组学的方法，研究了LSM1在乳腺癌中的作用，发现LSM1塑造了乳腺癌的代谢和肿瘤相关巨噬细胞的浸润。通过探讨LSM1在不同条件下的表达和功能，揭示了其在乳腺癌发展中的重要角色。研究结果为乳腺癌的精准医学治疗和药物筛选提供了新的思路和潜在靶点。

The role of LSM1 in breast cancer: Shaping metabolism and tumor-associated macrophage inffltration

doi: 10.1016/j.phrs.2023.107008

多组学和实验分析揭示了内膜线粒体蛋白(IMMT)在乳腺癌中的诊断价值和免疫学作用

Journal of Translational Medicine               IF：7.4

文章将多组学数据（单细胞和空间转录组学）与实验验证相结合，揭示了内膜线粒体蛋白（IMMT）在乳腺癌（BC）中的新的临床意义；通过使用基因集富集分析（GSEA）确定了IMMT的主要生物学影响，证实了其在TIME、癌细胞生长和线粒体适应度中的作用，并确定了pyridostatin是一种有希望发展精准医学的候选药物。

Multi-omics and experimental analysis unveil theragnostic value and immunological roles of inner membrane mitochondrial protein (IMMT) in breast cancer

doi: 10.1186/s12967-023-04035-4

多组学分析揭示CXCL12在乳腺癌中的免疫学意义和预后价值

Frontiers in Immunology              IF :7.3

文章利用免疫组织化学分析、单核和空间转录组学数据，揭示了CXCL12在乳腺癌微环境中的表达分布，并确定了与CXCL12相关的基因。通过Cox和LASSO回归分析，筛选出预后基因，构建了CXCL12相关预后签名，并确定了风险组。

Integrative multi-omics analyses unravel the immunological implication and prognostic significance of CXCL12 in breast cancer

doi: 10.3389/fimmu.2023.1188351

整合多组学数据揭示了一种新的混合乳腺癌亚型及其生物标志物

Frontiers in Oncology       IF：4.7

本文提出了一个新的整合多组学方法用于乳腺癌分型，并鉴定出具有较差生存预后的混合亚型（Mix_Sub亚型）。此外，还发现细胞间通信以及细胞周期、DNA损伤和DNA修复等细胞功能状态在患者中发生了显著改变和上调。总之， Mix_Sub乳腺癌亚型及其生物标志物的鉴定加深了我们对乳腺癌异质性的理解，促进了乳腺癌精准治疗的发展。

Integration of multi-omics data reveals a novel hybrid breast cancer subtype and its biomarkers

doi: 10.3389/fonc.2023.1130092

调节性T细胞与三阴性乳腺癌的肿瘤免疫微环境和免疫治疗反应有关

Frontiers in Immunology              IF :7.3

文章探讨了Treg细胞在TNBC组织中的浸润情况及其与TK1表达的关系。研究采用Treg标记-FOXP3多重荧光染色方法，多组学方法分析了FOXP3+ T细胞与CD3或CD8+ T细胞的比例与患者生存率的关系。同时评估了候选药物对Treg浸润的预测效果，并发现了与Treg浸润相关的风险评分与药物敏感性的负相关关系。研究结果表明，肿瘤浸润Treg细胞在TNBC免疫中具有重要作用，并有望成为预测患者生存率和指导治疗策略的生物标志物。

Regulatory T cells are associated with the tumor immune microenvironment and immunotherapy response in triple-negative breast cancer

doi: 10.3389/fimmu.2023.1263537

新辅助化疗下三阴性乳腺癌肿瘤微环境综合分析的多组学技术（综述）

Frontiers in Oncology       IF：4.7

本研究旨在探讨免疫浸润在多组学层面上的最新进展，并从传统病理学和新兴生物信息学方法的角度，对接受新辅助治疗的TNBC患者的肿瘤微环境的动态变化以及免疫检查点抑制剂对治疗效果的影响。研究发现，各种免疫亚群的组成和表型比例在新辅助化疗（NAC）期间存在不一致性，因此需要更深入的评估以解析特定免疫亚群的比例和空间分布。研究结果有助于改善三阴性乳腺癌的治疗，减少额外化疗的需要。

Multiomics technologies for comprehensive tumor microenvironment analysis in triple-negative breast cancer under neoadjuvant chemotherapy

doi: 10.3389/fonc.2023.1131259

KLF5抑制通过增强CD8+ t细胞依赖性抗肿瘤免疫增强抗pd1的功效

Theranostics         IF：12.4

文章利用各种多组学技术和不同的分析工具，主要探讨了免疫细胞浸润的多样性以及其在肿瘤微环境中的作用。最后，建立了一个依赖于KLF5/COX2轴和相关免疫标记的基因表达特征来预测患者的生存。这些研究为深入了解肿瘤微环境中的免疫细胞浸润提供了重要的理论依据。

KLF5 inhibition potentiates anti-PD1 efficacy by enhancing CD8+T-cell-dependent antitumor immunity

doi: 10.7150/thno.82182