OmegaPlus 是一个用于检测基因组数据中正选择痕迹的生物信息学工具。基于单倍型频率分布和重组事件检测选择信号，通过计算ω统计量（omega statistic）来识别选择位点。

官方软件提供了几种不同的版本：

OmegaPlus：顺序版本；

OmegaPlus-F：细粒度并行版本，适合在在更小的任务单位上并行化；

OmegaPlus-C：粗粒度并行版本，在较大的任务块上分配工作，适合任务量较大的计算场景；

OmegaPlus-M：多粒度并行版本结合了细粒度和粗粒度的优点，通常在实际计算中性能表现最佳。

示例：

./OmegaPlus-M -name TEST -input TEST.fasta -minwin 100 -maxwin 1000 -grid 10000 -threads 4

-name: 设置输出文件的前缀，用于标记结果文件。

-input: 指定输入文件（例如基因组序列文件）。

-minwin 和 -maxwin: 设置扫描窗口的范围。

-grid: 决定基因组上划分的网格数量，值越大分辨率越高，但计算量也越大。

-threads: 指定线程数量（仅用于并行版本）

其它可选参数：

-name <STRING>

指定运行名称，生成的输出文件将以该名称作为前缀。

-input <STRING>

输入对齐文件的名称。

-grid <INTEGER>

指定在对齐中计算 omega 值的网格数，数值越大分辨率越高，但计算量更大。

-minwin <INTEGER>/-maxwin <INTEGER>

设置用于计算 SNPs 之间连锁不平衡值的最小和最大窗口大小。

-length <INTEGER>

指定对齐长度，仅适用于 MS-like 和 MaCS-like 输入文件。

-impute <N or GAP>

启用对N或GAP符号的随机插补，将它们转换为有效字符。

可以使用两次-impute分别处理N和GAP。

示例:-impute N -impute GAP。

-seed <INTEGER>

指定随机数种子，用于插补N和GAP符号，或将 DNA 对齐转化为二进制数据。

必须与-impute和-binary一起使用。

-binary

将 DNA 对齐数据转换为二进制格式。

-threads <INTEGER>

指定线程数，仅适用于并行版本 OmegaPlus-F、OmegaPlus-C 和 OmegaPlus-M。

-minsnps <INTEGER>

指定子区域内计算 omega 值的最小 SNP 数量。

示例:-minsnps 10。

-ld <STRING>

指定连锁不平衡的测量类型，支持以下选项：

    RSQUARE（默认）: SNPs 之间的相关系数 r²。

    D: D 统计量。

    ABSD: D 的绝对值。

    DOM: D_omega 统计量。

    ABSDOM: D_omega 的绝对值。

    ABSDOM2: D_omega 的绝对值，按频率乘积归一化。

示例:-ld RSQUARE。

-maf <FLOAT>

排除次等位基因频率低于阈值的 SNP。

-no-singletons

从分析中排除单一出现的 SNPs。

-b <INTEGER>

允许每个位置在左、右窗口中 SNPs 数目差异不超过<INTEGER>，实现对最佳 omega 值的近似搜索。

-all

输出文件中显示更多结果信息。

-reports

为每个对齐生成单独的报告文件。

-sampleList <STRING>

用于 VCF 文件，指定需要包含的样本。

-sampleList_out <STRING>

为输入 VCF 文件生成样本列表。

-mbs

指定输入文件为 mbs 格式（将按 ms 格式处理）。

-noSeparator

禁止在输出中打印//分隔符，便于元处理（如在 R 中处理结果）。

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案例：

Weng et al., 2024, Mol Biol Evol




Taliadoros et al., 2023, PLOS Genet




Sørensen et al., 2023, Sci